Met het onderdeel File Threat Protection voorkomt u dat het bestandssysteem van de computer geïnfecteerd raakt. Standaard bevindt het onderdeel File Threat Protection zich permanent in het RAM van de computer. Het onderdeel scant bestanden op alle schijven van de computer, evenals op aangesloten schijven. Het onderdeel biedt computerbescherming met behulp van antivirusdatabases, de Kaspersky Security Network-cloudservice en heuristische analyse.
Het onderdeel scant de bestanden waartoe de gebruiker of het programma toegang heeft. Als een schadelijk bestand wordt gedetecteerd, blokkeert Kaspersky Endpoint Security de bestandsbewerking. Het programma desinfecteert of verwijdert vervolgens het schadelijke bestand, afhankelijk van de instellingen van het onderdeel File Threat Protection.
Als u probeert en bestand te openen waarvan de inhoud is opgeslagen in de OneDrive-cloud, downloadt en scant Kaspersky Endpoint Security de bestandsinhoud.